La basilica fu edificata tra la prima metà del XVI e il XVII secolo su una chiesa precedente, forse trecentesca; nelle adiacenze del battistero di San Giovanni risalente al XIV secolo. La costruzione avvenne in tre momenti distinti: il presbiterio, di foggia prettamente manierista-rinascimentale, fu costruito nella prima metà del 1500 e consacrato già nel 1542; il corpo della chiesa: transetto e piedicroce, venne progettato dall'influente architetto Pellegrino Tibaldi e quindi edificato tra il 1580 e il 1625 sotto la direzione di Giuseppe Bernascone, che gli impresse un aspetto manierista; la facciata, neoclassica, si deve invece a Leopoldo Pollack, allievo del Piermarini, che la realizzò tra il 1788 e il 1791. Minime aggiunte novecentesche vennero eseguite da Lodovico Pogliaghi. Completa il patrimonio edilizio il campanile barocco-manierista, eretto a più riprese in un maggior lasso di tempo, tra il XVII e il XVIII secolo.
La volta della navata centrale venne decorata a partire dalla fine del XIX secolo in stile neo-barocco. Gli affreschi sono opera nel 1846 da G.B. Zari, che eseguì anche quelli dei Quattro Profeti Maggiori nei pennacchi e gli Apostoli ed Evangelisti nella cupola. Gli stucchi, vennero realizzati da Lodovico Pogliaghi nel 1929.
Il lungo presbiterio (a pianta poligonale) è la parte più antica, risalente al XVI secolo, di matrice "bramantesca". Appare occupato dall'altar maggiore, esempio di rococò lombardo eseguito dagli scultori viggiutesi Buzzi fra il 1734 e il 1742 su progetto dell'architetto milanese Bartolomeo Bolla. Le statue marmoree con Cristo Risorto, al centro, e Angeli, ai lati, furono disegnate da Pietro Antonio Magatti ed eseguite da Elia Vincenzo Buzzi.
Il tempio custodisce pregevoli opere della scuola pittorica barocca lombarda: in particolare i dipinti di Carlo Francesco Nuvolone (1609-1662), di Francesco Cairo (1607-1665), di Giovanni Battista Crespi (1573-1632). Di lui è conservata nella cappella di San Gregorio, la prima sulla destra, la celebre Messa di San Gregorio del 1615, considerato uno dei capolavori della scuola lombarda dell'epoca del cardinale Federico Borromeo.
La Cappella del Rosario, nel braccio destro del transetto, è considerata un capolavoro del pittore locale Pier Francesco Mazzucchelli, dipinta negli anni 1616-17. In alto, la tela con S. Domenico che riceve il Rosario è opera settecentesca di Pietro Antonio Magatti. Il palliotto d'altare intagliato raffigura la Battaglia di Lepanto del genovese Bernardo Castelli (1557-1629).
