L’Aula Isiaca, riportata alla luce nel 1912 al di sotto della Basilica della Domus Flavia, faceva parte della vasta residenza di Augusto. L’ambiente absidato è riccamente affrescato da pitture, databili intorno al 30 a.C., che presentano numerosi richiami all’Egitto e alla dea Iside, come fiori di loto, serpenti, vasi rituali e ghirlande di rose, che ne giustificano l’attuale denominazione.

La Loggia Mattei venne invece affrescata negli anni venti del Cinquecento dalla bottega di Baldassarre Peruzzi, ed è quanto resta della villa edificata dalla famiglia Stati, poi passata nel 1561 ai Mattei. La volta, decorata a grottesche, è incorniciata da un fregio giallo a mascheroni al cui interno si dispongono lo stemma Mattei e due riquadri a tema mitologico: le Nozze di Ercole ed Ebe e Venere tra Amore e le Muse. Le vele sono decorate da tondi a fondo blu con i segni zodiacali. Gli affreschi delle pareti, con scene del mito di Venere e Adone, furono staccati nel 1846 e trasferiti al Museo dell’Ermitage, dove si trovano tuttora. Qualche anno dopo anche le raffigurazioni mitologiche e i tondi con i segni zodiacali furono staccati e venduti al Metropolitan Museum of Art di New York; un accordo di prestito negli anni novanta del secolo scorso ne ha permesso il reinserimento nel sito originario.