La chiesa di San Vigilio attualmente è sede della Cappella Universitaria di Siena e vi è presente una comunità delle Suore Figlie della Chiesa. Negli ambienti dell'ex monastero si trova oggi la sede centrale dell'Università degli Studi di Siena.
La chiesa ha il soffitto ornato di quindici grandiosi comparti del pittore senese Raffaello Vanni con cornicioni intagliati e rosoni messi riccamente a oro, esprimenti il Giudizio Universale. Le cappelle e gli altari sono di ricchi e fini marmi.
La chiesa si segnala anche per la ricca ornamentazione scultorea. In particolare: il Sant'Ignazio de Lojola e il Beato Colombini, altorilievi in bronzo eseguiti da Rocco Tamburani; il monumento funebre a Marcello Biringucci di Bartolomeo Mazzuoli; il gran Crocifisso bronzeo di Ferdinando Tacca (1644). All'altare vi è un bellissimo dipinto di Mattia Preti raffigurante la Gloria di Sant'Ignazio.
