Il Museo ha sede nella Villa di Papa Giulio III, costruita su progetto di Jacopo Barozzi detto il Vignola fra il 1551 e il 1553.

Il Museo Nazionale Etrusco è stato fondato allo scopo di raccogliere insieme tutte le antichità pre-Romane del Lazio, dell'Etruria meridionale e dell'Umbria appartenenti alle civiltà etrusca e falisca. Il singolo tesoro più famoso è il monumento funerario di terracotta, il Sarcofago degli Sposi che rappresenta una coppia di sposi a grandezza quasi naturale che adagia in una luminosa posa conviviale o simposiale.

Gli altri tesori custoditi sono: le Lamine di Pyrgi, un testo etrusco-fenicio, l'Apollo di Veio, i resti del tempio etrusco di Alatri e sua ricostruzione, un altorilievo proveniente dal frontone del tempio "A" di Pyrgi con scene tratte dal mito dei Sette contro Tebe con Tideo che mangia il cervello di Melanippo. le collezioni Barberini, Castellani e Pesciotti, la Cista Ficoroni, cofanetto portagioielli in bronzo, l'Olpe Chigi.