Il primo nucleo è costituito dall’archivio arcivescovile che riunisce la documentazione prodotta dall’attività spirituale e temporale del Vescovado a partire dal 720 d.C.
Numerosi sono i documenti prodotti da vari enti ecclesiastici della diocesi, per un totale di circa 8.300 pergamene e oltre 12.000 unità archivistiche su supporto cartaceo. Tra i documenti più importanti l’archivio capitolare di Pisa, l’archivio del convento e seminario di Santa Caterina, l’archivio dell’Università dei Cappellani del Duomo.
Tra gli archivi parrocchiali merita ricordare quello di San Ranieri e della Parrocchia del Duomo dove si trova la registrazione dei battesimi di tutti i nati nella città di Pisa, dal 1458 al 1911, anno in cui vengono concessi i fonti battesimali ad ogni parrocchia.
