L'interno della chiesa è ad aula rettangolare con presbiterio semicircolare e coro all'ingresso sorretto da un grande arco; il sottocoro fu affrescato nel 1750 da Olivio Sozzi mentre gli affreschi della volta, in gran parte perduti, sono opera di Antonio Grano. Sulle pareti laterali vi sono quattro altari, riccamente decorati a marmi mischi: il più importante è quello dedicato a Santa Lucia.

La chiesa, in decadenza dopo la soppressione dell'ordine conventuale nel 1866, fu riaperta nel 1872. Danneggiata durante l'ultima guerra, è stata spogliata degli arredi. I primi interventi di restauro sono stati eseguiti tra il 1979 e il 1980. Nel 1997 la chiesa è stata riaperta al culto ed è stata ricollocata sull'altare la pala di Pietro Novelli, Madonna del Carmelo con iI santi Teresa d'Avila e Maria Maddalena dei Pazzi e i beati Alberto e Angelo da Licata.