Il Museo possiede le seguenti collezioni: Collezione malacologica costituita da oltre 600 specie ordinate in modo sistematico. Collezione mineralogica esposta lungo un percorso guidato che fornisce spunti di riflessione, analisi e approfondimento sul Pianeta Terra. Collezione ornitologica che descrive, unitamente all'esposizione degli esemplari, la biologia degli uccelli. Collezione geologica e paleontologica dedicata alla stratigrafia geologica del territorio cheraschese con l'esposizione di fossili locali. Sono inoltre presenti cinque diorami raffiguranti ambienti tipici del territorio locale.