La Villa di San Martino o Villa Bonaparte è una delle due residenze che Napoleone Bonaparte ebbe all'Isola d'Elba fra il maggio 1814 ed il febbraio 1815. La villa è composta da otto ambienti. Le decorazioni parietali, molto più estrose di quelle dei Mulini, furono anche qui affidate al piemontese Antonio Vincenzo Revelli, il pittore di corte all'Elba di Napoleone.

La visita inizia dall'ala sinistra della casa. Le prime tre stanze erano di pertinenza dei generali Drouot e Bertrand: l'anticamera, la camera da letto di Bertrand e un salotto (probabilmente in origine camera da letto di Drouot).

Si prosegue nella sala del nodo d'amore. Questa prende il nome dalla decorazione del soffitto: due colombe con le estremità di un nastro nel becco, che allontanandosi stringono un nodo nello stesso nastro. La tradizione vuole che la scena sia allegorica della tormentata lontananza tra Napoleone e Maria Luisa.

L'ala destra era destinata a Napoleone. La prima stanza è quella da letto, con pareti decorate da panneggi azzurri e soffitto cassettonato, con simboli della Legion d'honneur e api elbane. Si giunge allo studio, il cui colore dominante è il giallo. E si finisce con l'austera anticamera.

L'ultimo ambiente della villa è il più famoso: la sala egizia. Era la sala da pranzo e l'imperatore la concepì in modo che ricordasse i fasti della campagna in Egitto. Le pareti sono a trompe-l'oeil, con colonne papiriformi e altre strutture granitiche incise di geroglifici, che inquadrano sfondi e scene esotiche e di battaglia. Sul soffitto la decorazione dà l'impressione di un'apertura circolare da cui guardare il cielo. Intorno a essa i dodici segni zodiacali rappresentano la dipendenza celeste regolatrice degli eventi terreni. Nel pavimento, al centro esatto della stanza, si apre la vasca ottagonale, in cui doveva zampillare l'acqua. Tra le decorazioni parietali Napoleone scrisse di proprio pugno "Ubicumque felix Napoleon". Sopra la porta centrale si trova lo stemma napoleonico in legno dorato, con l'aquila imperiale sullo scudo, circondato dal grand collier della Legione d'onore.