All'interno del museo Commerciale trova spazio il museo del Caffè di Trieste, nato nel 2001. Il museo aveva sede inizialmente dentro la torre del Lloyd. Gli oggetti in esposizione provengono per lo più da donazioni private: tazzine appartenute agli storici caffè triestini, macinini, oggettistica per la verifica qualitativa e merceologica del caffè e molte altre chicche. Il museo del caffè ha da anni stretto partnership con altri istituti di diversi Paesi europei, tra cui il museo della Peugeot che originariamente era una fabbrica di macinini da caffè. Ogni due anni il museo collabora alla realizzazione della Triestespresso Expo e al Trieste Coffee Festival che si svolge, invece, ogni anno.