Le raccolte, suddivise in vari depositi e riunificate a seguito di una lunga opera di ricerca e riacquisizione, sono in prevalenza costituite da nuclei di materiali provenienti dalla città e dal territorio circostante, cronologicamente compresi dal periodo preistorico fino all’Età romana imperiale. Oggi nuovi documenti continuano ad incrementare i nuclei già in dotazione del Museo, grazie ad acquisizioni da privati, a rinvenimenti casuali ma anche ad ulteriori indagini presso l’Anfiteatro, il Ponte della Fontana, la Tomba Sant'Angelo e il Campanile di Santa Maria, già in parte attualmente fruibili come punti di visita esterni al Museo. Negli ultimi anni, scavi in zona Fontanelle e in zona De Matthaeis hanno dato moltissimo all'archeologia ciociara e presto si spera di restaurare e di offrire al pubblico in nuove sale i reperti affiorati.

Oltre alle sale espositive principali l’allestimento museale comprende uno spazio riservato alle esposizioni temporanee (Sala IV), una Saletta audiovisivo, predisposta per lo svolgimento di attività didattiche, e uno Spazio iniziale di orientamento, destinato ad illustrare la logica espositiva del Museo e ad agevolare l’itinerario di visita.