Uno dei principali scopi che la Fondazione si prefigge è quello di conservare e valorizzare la collezione di opere d’arte che si è venuta costituendo all’interno della famiglia Mazzotta fin dal capostipite Antonio. Sono presenti duemila opere tra disegni e acquarelli, con raffinati cicli di grafica e fotografia, a partire dal Settecento fino ai giorni nostri. Tra gli artisti più importanti rappresentati nella collezione si possono citare Goya, Piranesi, Daumier, Gemito, Redon, Beardsley, Rodin, Klinger, Kubin, Boccioni, Modigliani, Carrà, Chagall, de Pisis, de Chirico, Morandi, Klee, Klimt, Kokoschka, Dix, Grosz, Léger, Miró, Tanguy, Warhol, Wols. Una sezione del fondo accoglie anche vetri art nouveau, oggetti e libri antichi.

Per ragioni conservative le opere sono rese visibili per lo più in occasione di mostre temporanee allestite presso la propria sede o all’esterno. Parte significativa dell’attività della Fondazione consiste nel far itinerare la propria collezione con mostre appositamente organizzate. Tra tante iniziative si ricordano la mostra Il sogno rivela la natura delle cose, presentata al Museo Pushkin di Mosca nel 1993. E così pure la mostra dedicata a Piranesi e Goya presso il Musée des Beaux-Arts di Montréal, in Canada, con l’eccezionale presentazione dei principali cicli dell’“architetto veneziano” (Vedute di Roma, Antichità romane, Carceri, Archi trionfali) accanto alle serie più famose di Goya (Capricci in prima edizione, Follie, Disastri della guerra), nonché Visioni del fantastico e del meraviglioso: prima dei Surrealisti”.