Il museo è composto di diverse sezioni, dedicate alla zoologia, all'entomologia, alla geologia, alla paleontologia.

Quest'ultima sezione «è particolarmente ricca: oltre al calco in grandezza naturale di uno scheletro di allosauro, sono importanti i reperti fossili del Triassico, rinvenuti nelle valli bergamasche. Degni di nota sono inoltre i coralli del Paleozoico, le ammoniti piritizzate, resti di insetti inclusi in ambra, la libellula Italophlebia gervasuttii, i fossili del più antico rettile volante, l'Eudimorphodon ranzii, del rettile Endennasaurus acutirostris, di un fitosauro, ed i resti scheletrici degli elefanti (Elephas meridionalis) rinvenuti nelle miniere di lignite della Valgandino».

Interessante è anche la sezione dedicata all'etnografia contenente la raccolta Beltrami con reperti relativi ai nativi nordamericani.

Particolare attenzione è riservata all'attività didattica e alla interattività; nel museo si possono usare dei microscopi elettronici, o leggere libri o usare vetrine tattili (contrassegnate dalla scritta "Il museo da toccare"). Un apposito percorso con scritte in Braille è allestito per i non vedenti.