La collezioine è distribuita su otto sale d'esposizione; nelle prime quattro sono illustrati gli orizzonti preistorici, la quinta e la sesta sala sono dedicate al periodo della romanizzazione, nella settima sala sono state raccolte le testimonianze dei periodo più recenti. L'ottava sala riveste invece un particolare interesse storico dato che è la stanza dove soggiornò l'Imperatore Napoleone III durante e alla conclusione della Battaglia di Solferino. La visita al Museo consente di ricostruire 7.000 anni di vita nelle terre altomantovane.