La chiesa è citata per la prima volta in un documento notarile del 1514, in cui cinque abitanti di Begato, appartenenti alle famiglie Santamaria, Massardo, Pozzolo e Ponte, commissionarono un quadro raffigurante Santa Caterina d'Alessandria al pittore Francesco da Cremona; in una bolla pontificia del 1519 è indicata come dipendente dalla parrocchia di S. Stefano di Geminiano, e tale rimase fino al 1639, anno in cui su impulso del nobile Giovanni Paolo Airolo fu eretta in parrocchia dal card. Stefano Durazzo sotto il duplice titolo di S. Caterina d'Alessandria e S. Giovanni Battista. Il titolo di S. Giovanni Battista fu poi ceduto alla vicina chiesa della Costa di Rivarolo quando quest'ultima divenne parrocchia autonoma.

Vi sono conservate tele di Giacomo Beni (San Giovanni della Croce e S. Giovanni della Croce in preghiera della Madonna del Carmelo) e Gioacchino Assereto (Morte di Santa Monica), oltre ad un antico pulpito proveniente dallo scomparso ospedale di San Biagio del Borghetto.

La chiesa conserva anche alcune statuine lignee da presepe del periodo barocco, opera di artigiani genovesi del Settecento. Le statuine, in legno policromo e alte circa 80 cm, furono ritrovate nel 1970 nel sottotetto della chiesa, nascoste forse per evitarne il furto durante la seconda guerra mondiale, e sono state restaurate presso il laboratorio di restauro della Regione Liguria.