L’Orto Botanico è situato all’interno delle mura medievali della città, che ne fanno da confine a Sud, più precisamente nel versante della valle di S. Agostino, con un’esposizione Ovest-Sud-Ovest e un’altitudine compresa tra i 280 e 350 m s.l.m.. Tale collocazione tutta in pendenza, fatta di vialetti tortuosi, piccole vasche, grotte di roccia spugnosa e una Fonte medievale, ne fanno un’oasi di pace e tranquillità, con alle spalle la città del Palio. In aiuto al visitatore il riconoscimento delle piante ospitate è facilitato da appositi cartellini, bianchi per le piante autoctone e gialli per quelle esotiche, che ne riportano il nome scientifico e l’eventuale nome volgare e forniscono informazioni sulla famiglia di appartenenza e l’areale di distribuzione. Dal 2004 una semplice cartellonistica esplicativa posta in varie aree, accompagna il pubblico nella visita sia guidata, che libera. La presentazione delle piante dell’Orto Botanico, che si estende a sorpresa una volta oltrepassati i vialetti di accesso, si basa secondo criteri sistematici o ecologici. Le aiuole con le piante ornamentali, i pergolati e i filari di alberi costituiscono le radice originaria, secondo i canoni di allestimento dei giardini ottocenteschi.

L’Erbario è localizzato al piano seminterrato del Dipartimento di Scienze della Vita ed è accessibile per la consultazione del materiale su prenotazione. Ospita collezioni di essiccata suddivise in: Collezione Storica (campioni del XVIII secolo) e Collezione Moderna (campioni dal 1850 ad oggi).