La collezione archeologica è costituita, oltre che da una celebre stele antica, datata tra la fine del V e gli inizi del VI secolo a.C., con giovane defunto seduto, anche da numerosi reperti marmorei, sarcofagi, ritratti tra cui uno di Alessandro Magno e uno di Costantino; presenta, inoltre, un'interessante serie di iscrizioni per lo più funerarie.

Notevole è anche la raccolta storico-artistica, comprendente affreschi della chiesa medievale, ceramiche islamiche e siciliane, oggetti e rari paramenti sacri, come il prezioso Omophorion, palio episcopale in seta e oro, del XIV secolo.

Nel Museo è prevista anche la ricostruzione dell'ipogeo detto "delle Ghirlande", un sepolcro di età imperiale rinvenuto nel 2000 nei pressi della catacomba Ad Decimum e di Grottaferrata, che ha restituito i sarcofagi e le deposizioni do Aebutia Quarta e di T. Carvilinus Gemellus, rispettivamente padre e figlio. Tra gli oggetti del corredo si segnala anche un prezioso anello di pregevole manifattura, in oro e cristallo di rocca.