Il convento e la chiesa sorgono su un'area donata dall'abate di S. Scolastica, Lando, a S. Francesco, quando questi giunse a Subiaco nel 1224 per visitare il Sacro Speco. La costruzione risale al 1327 e mostra elementi romanico-gotici ben marcati.

sull’altare maggiore si trova un’imponente trittico del 1467 opera di Antoniazzo Romano, mentre i dipinti e gli affreschi che ornano le cappelle a sinistra sono attribuiti a Giovanni Antonio Bazzi detto il Sodoma, la Natività sull’altare della prima cappella ad un allievo del Pinturicchio e la tela sul primo altare in legno a destra a Giulio Romano. Al centro del Convento si apre il chiostro in stile romanico, composto da sedici arcate a tutto sesto, con al centro il pozzo e una colonna proveniente dalla Villa di Nerone.