Nella sua attuale configurazione l'Archivio si presenta suddiviso in quattro sezioni principali e distinte tra loro.
L'Archivio Vecchio, la cui denominazione risale all'ordinamento effettuato nel 1837 dal Canonico Cancelliere Giambattista Bortoluzzi su invito del vescovo mons. Antonio Bernardo Squarcina. Esso costituisce ancor oggi un valido strumento di corredo.
Nell'Archivio Vecchio sono comprese le serie fondamentali degli Atti di Curia e quelle processuali suddivise secondo i criteri del "Repertorio" diviso in Referati e Rubriche.
La seconda sezione, denominata Archivio Moderno è frutto di ordinamenti recenti. Raccoglie la documentazione prodotta dai primi anni del 1800 sino al 1939; è disposta per Rubriche in sequenza cronologica.
In una terza sezione convenzionalmente chiamata Archivio Misto sono conservate alcune raccolte di atti provenienti dall'Archivio Vecchio e dall'Archivio Moderno, insieme a materiali di diversa provenienza.
Della quarta ed ultima sezione, Archivio Nuovo, fanno parte quelle serie che, sorte nella prima metà del secolo XX, in concomitanza col nascere dei relativi uffici di Curia, raccolgono la documentazione da questi prodotta insieme materiale di altra natura e provenienza di epoca precedente all'istituzione dei vari uffici.
