Il museo, presso l'ex chiesa dell' oratorio, ospita al suo interno numerosi reperti archeologici risalenti per lo più all'epoca romana, provenienti dagli scavi archeologici realizzati nella cosiddetta Area Christianorum, ossia un'area al di sotto della Concattedrale di Maria Santissima Assunta di Castellammare di Stabia, scoperta durante i lavori di costruzione della cappella di San Catello alla fine del 1800: si tratta principalmente di resti di una necropoli ma anche frammenti di strade, case e antiche botteghe. Prima dell'apertura del museo i reperti erano custoditi all'interno dell'Antiquarium stabiano, che raccoglie anche quelli provenienti dagli scavi archeologici di Stabia sulla collina di Varano, ma chiuso da lungo tempo in attesa di una miglior collocazione.

Tra i reperti lapidi, colonne, come il famoso cippo posto a Stabiae sulla strada di collegamento tra Nuceria Alfaterna e Sorrentum, subito dopo l'eruzione del Vesuvio del 79, capitelli e sarcofagi, come quello di Caio Longinio, oltre ad un elevato numero di suppellettili varie, tra cui un fermaglio da libro in ossa raffigurante un abbraccio tra i santi Pietro e Paolo.